W myśl dekretu królewskiego z grudnia 1807 r., opisującego kompetencje Ministra Wojny, opiece księcia powierzone zostały też lazarety. Doszło wówczas do powstania Rady Zdrowia Głównej, na czele której stanęli inspektorzy – protomedyk Michał Bergonzoni, protochirurg Leopold Lafontaine oraz aptekarz naczelny Jan Bogumił Gudeit. Do ścisłego kierownictwa wchodziło również czterech doktorów „wszech nauk lekarskich”, czterech chirurgów i czterech aptekarzy. Radzie Głównej podlegały dywizyjne Rady Zdrowia. Na ich czele stali: w 1. dywizji Onufry Lucy, w 2. dywizji Karol Szultz, a w 3. dywizji Józef Puchalski. Rady dywizyjne tworzyli: urzędnik zdrowia dywizji, urzędnik zdrowia I klasy, urzędnik zdrowia II klasy, dwóch urzędników zdrowia III klasy, aptekarz II klasy, dwóch aptekarzy III klasy. W pułkach przewidziano etaty dla chirurgów i ich pomocników (podchirurgów) – trzech chirurgów miało przypadać na pułk piechoty, a dwóch na pułk jazdy. Od 1809 r. służący w armii lekarze dzielili się na dwie klasy, a chirurdzy i farmaceuci na trzy. Ich nominacje zatwierdzał Minister Wojny.

Rada Główna zarządzała również szpitalami: stałymi, zorganizowanymi w miastach z dużymi garnizonami i w twierdzach, oraz polowymi, powstającymi w ramach potrzeb na trasach przemarszów i przy polach bitewnych. W dniu 6 marca 1809 r. został opublikowany druk Urządzenie Szpitalów dla Woysk polskich Xsięstwa Warszawskiego, który powstał w wyniku prac Rady Zdrowia Głównej. Przedstawiono go najpierw generałowi Hebdowskiemu, a potem do akceptacji i podpisu księciu ministrowi. Dokument ten dzielił się na sześć części: I Urządzenia ogólne, II Ustanowienie, rozgatunkowanie i przeznaczenie szpitalów wojskowych, III Urządzenie Gospodarstwa szpitalów, IV O służbie zdrowia, V O magazynach i wozach, VI O liczbie osób, o płacy, o zdawaniu rachunku ogólnego i o dozorze aktów stanu cywilnego.

Rozporządzenie powyższe wprowadzało trzy typy szpitali – „stałe, doczesne i ruchome”. Szpitale stałe miały być zlokalizowane na dotychczasowych zasadach. Lazarety doczesne – odpowiadające szpitalom polowym – tworzono „w czasie woyny albo gdy woysko ściągnionem jest do Obozu […] bądź w własnym kraiu bądź w nieprzyjacielskim”. Nowymi placówkami były szpitale ruchome, które w myśl zapisów „postępuią za wojskiem dla dania pierwszey pomocy chorym i opatrzenia rannych”. Jednocześnie szpitale te „tak winny bydź urządzone aby ie łatwo można dzielić”. I tak wśród szpitali ruchomych wyróżniono:

• zakładowe – spełniające funkcje magazynów lub rezerwy i w związku z tym pozostające z tyłu wojska szykującego się do bitwy;
• dywizyjonalne – „przeznaczone do opatrywania chorych jednej dywizji lub kolumny Woyska”;
• posterunkowe – zakładane w miejscach, „gdzie utarczki szczególne zayść mogą”;
• biegające – mobilne, gotowe do założenia polowego punktu opatrunkowego i zaopatrzone w sprzęt niezbędny do wykonywania mniej skomplikowanych zabiegów i operacji. Termin „szpital biegający” jest próbą translacji francuskiego określenia ambulance volante. Szpitale biegające różniły się jednak od francuskich i przypominały bardziej tzw. czołówki chirurgiczne powstałe w czasie I wojny światowej.

Na potrzeby szpitali biegających konieczne było stworzenie odpowiedniego wozu, spełniającego warunki do postawionych takiemu szpitalowi zadań. Wiosną 1810 r. na jednym z posiedzeń Warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk (do którego należał Lafontaine) został przedłożony projekt lekkiego a zarazem mocnego pojazdu, którego autorem był nieznany z imienia Kalinowski. Opis takiego wozu znalazł się w pamiętnikach wyruszającego na wojnę w 1812 r. farmaceuty Karola Eichlera. Pisał on, że „kompletny ambulans się składał z 4 furgonów letkich, płachto przykrytych opatrzonych w duży zapas wszystkiego co tylko potrzeba do opatrunku rannych w boju, każdy furgon czteroma końmi zaprzągnięty, dziesięciu furgonistów żołnierzy i sierżanta, 12-tu żołnierzy do ambulansu na posługę rannym”.

Prace Kalinowskiego nie zakończyły się wraz z zaprojektowaniem wozu. Przedstawił również wzór toreb z opatrunkami dla sanitariuszy oraz opracował projekt wyposażenia szpitala polowego, w tym składanych noszy, wykonanych z grubego kawałka płótna i zszytych po bokach w taki sposób, aby można było wsunąć w krawędzie długie żerdzie. Warto tutaj zaznaczyć, że oprócz opatrunków przechowywanych w wozach szpitala biegającego (prawdopodobnie ok. 1,5 kg bandaży i ponad 1 kg szarpi), także każdy żołnierz wyposażony był we własny opatrunek osobisty. Składał się on z bandaża mierzącego ponad 2,5 m długości i szerokiego na ok. 14–20 cm, dużej garści szarpi oraz kawałka hubki nasączonej azotanem srebra lub azotanem miedzi. Zadanie przeszkolenia żołnierzy w zakładaniu opatrunków z takiego pakietu spadało na barki pułkowych chirurgów.

Funkcjonowanie służby zdrowia regulowały również przepisy zawarte w wybranych rozdziałach Instrukcyi dla Kommendantow placu ułożonej przez generała Hebdowskiego (Warszawa 1809) oraz Przepisy lekarstw dla Szpitalów Woyska polskiego wydane w Warszawie w 1810 r.

Jednak nawet najlepszy sprzęt oraz organizacja na niewiele się przydadzą, gdy brakuje odpowiednich fachowców. Już w początkach 1807 r. Michał Bergonzoni wskazywał księciu Poniatowskiemu jak bardzo brakuje w armii wykwalifikowanych lekarzy. Dlatego w 1808 r., w znacznym stopniu dzięki staraniom i zaangażowaniu Bergonzoniego i Lafontaine’a, została założona w Warszawie Szkoła Chirurgiczna Wojskowa, a dla lekarzy i aptekarzy w służbie czynnej wprowadzono wykłady i ćwiczenia realizowane w Głównym Szpitalu Wojskowym w Ujazdowie. Oprócz tego 15 listopada 1809 r. powstał w Warszawie Wydział Akademicko-Lekarski, którego słuchacze, lekarze i farmaceuci, w dużej części byli stypendystami wojskowymi.

Dzięki tym wszystkim staraniom wojskowa służba zdrowia Księstwa Warszawskiego była dość starannie i dobrze przygotowana do nadchodzącej wojny z Rosją. Dużą bolączka pozostawała oczywiście kwestia pieniędzy. Przygotowanie do wojny było wielkim obciążeniem dla budżetu Księstwa, z którego i tak ponad 60% wydatków szło na potrzeby armii. Niejednokrotnie Rada Ministrów zarzucała Poniatowskiemu, że wydaje zbyt dużo. Książę twardo bronił wydatków wojska, powtarzając, że „Jeżeli nie będziemy opatrywać wojska, zostaniemy kpami, jakeśmy wprzód byli”. Mimo to w 1812 r. cofnięto część przyznanych środków. Tak stało się m.in. z funduszami przeznaczonymi na funkcjonowanie służby medycznej. W lutym 1812 r. Rada zakwestionowała „50 tysięcy złotych na lekarstwa i zaopatrzenie lazaretów w twierdzach” i uszczupliła budżet Ministerium Wojny na ten cel o 30 tysięcy. Księciu udało się za to zapewnić fundusze na zakup narzędzi do amputacji i trepanacji czaszki, o co apelował Lafontaine.